หน่วยงานที่ดำเนินงานด้านสาธารณสุขที่อยู่ในเขตเทศบาลนครพระนครศรีอยุธยา มีดังนี้คือ

1.       ศูนย์บริการสาธารณสุขเทศบาลนครพระนครศรีอยุธยา 2 แห่ง บริเวณกองสาธารณสุขและ    สิ่งแวดล้อม  และบริเวณวัดกล้วย

2.       สำนักงานสาธารณสุขจังหวัดพระนครศรีอยุธยา

3.       โรงพยาบาลจังหวัดพระนครศรีอยุธยา

4.       ศูนย์แพทย์ชุมชนเทศบาล 4 แห่ง คือ บริเวณวัดอินทาราม บริเวณชุมชนป้อมเพชร บริเวณชุมชนหัวแหลม (วัดตึก) และบริเวณวัดศาลาปูน

5.       คลีนิคตรวจโรค / ทันตกรรม / คลีนิคตา / และอื่น ๆ อีกประมาณ 45 แห่ง