เทศบาลนครพระนครศรีอยุธยาแบ่งส่วนการบริหารงานออกเป็น 10 ส่วน  ดังนี้

1.       สำนักปลัดเทศบาล

2.       กองคลัง

3.       กองช่าง

4.       กองสาธารณสุขและสิ่งแวดล้อม

5.       กองการศึกษา

6.       กองการประปา

7.       กองวิชาการและแผนงาน

8.       กองสวัสดิการสังคม

9.       กองช่างสุขาภิบาล

10.   หน่วยงานตรวจสอบภายใน

โดยมีสายการบังคับบัญชาตามระเบียบกระทรวงมหาดไทยว่าด้วย การกำหนดส่วนราชการของเทศบาล พ.ศ.2541

อัตรากำลังของเทศบาลนครพระนครศรีอยุธยา มีผู้ดำรงตำแหน่งในปัจจุบัน  ดังนี้

-  พนักงานเทศบาล                        161     อัตรา

-  ลูกจ้างประจำ                              76     อัตรา

 -  พนักงานจ้าง                             345     อัตรา

- พนักงานครู                                174     อัตรา